José Manuel Viegas foi Professor Catedrático de Transportes no Instituto Superior Técnico até julho de 2012, tendo aí chefiado o núcleo de investigação em de Infraestruturas, Sistemas e Políticas de Transportes
e sido o Diretor Nacional da Área de Sistemas de Transportes do programa MIT-Portugal entre 2007 e 2012.

Entre agosto de 2012 e agosto de 2017 foi secretário-geral do ITF (International Transport Forum na OCDE), uma organização intergovernamental com 59 países membros.

No ITF, liderou um programa de reforma estrutural e conduziu-o a uma posição cimeira de inovação na política de transportes, aumentando fortemente a colaboração com os parceiros empresariais e institucionais
do setor de transportes. Alguns dos relatórios da ITF tornaram-se referências mundiais nos seus respetivos domínios.

Em 2003, foi fundador e primeiro diretor-geral da Transportnet, um grupo de 8 principais universidades europeias com estudos avançados em transportes. Foi ainda vice-presidente da Sociedade para a Conferência
Mundial de Investigação sobre Transportes, de 1998 a 2007.

Foi fundador e CEO da TIS.pt, uma das principais consultorias portuguesas em sistemas de transportes. Atualmente é consultor independente de várias organizações e empresas internacionais.