José Manuel Viegas foi Professor Catedrático de Transportes no Instituto Superior Técnico até julho de 2012, tendo aí chefiado o núcleo de investigação em Infraestruturas, Sistemas e Políticas de Transportes e sido o Diretor Nacional da Área de Sistemas de Transportes do programa MIT-Portugal, de 2007 a 2012.
Entre agosto de 2012 e agosto de 2017 foi secretário-geral do ITF (International Transport Forum na OCDE), uma organização intergovernamental com 59 países membros.
Foi fundador e CEO da TIS.pt, uma das principais consultorias portuguesas em sistemas de transportes.
Atualmente é consultor independente de várias organizações e empresas internacionais.
